La causa más frecuente de hipernatremia no es un aumento de las entradas de Na, sino un déficit de agua libre, muy mal tolerado si es elevado, o es de desarrollo agudo. Este déficit puede ser causado por excesiva sudoración, diarreas, poliurias, etc, con reposición hídrica menor que la cantidad perdida. Es más raro que la hipernatremia sea causada por una ingesta excesiva de Na, aunque puede suceder en naúfragos que beben agua de mar, por ejemplo.
Es también bastante común en ancianos, encamados, enfermos psíquicos, etc., que no tienen o no pueden tener acceso al agua. También por fármacos como los diuréticos, o el litio, o tras una Reanimación Cardiopulmonar exitosa, pero en la que se ha empleado excesiva cantidad de Bicarbonato 1M.
Pueden aparecer también hipernatremias (déficit de agua libre) en enfermedades que ocasionan una diuresis excesiva, con escasa excreción de solutos, como ocurre en la diabetes insípida, o más raramente, por excesiva retención de Na en casos de exceso de producción de gluco o mineralcorticoides (enfermedades de Cushing o de Conn).